#行の中で、「#」以降は、コメントアウトで処理しません。

#====================================================

#Cドライブにv09dataというフォルダを作り、v09c6reoffending.csvを置いているという設定）

#データの読み込み

reOdata=read.table("d:/ds/v09c6reoffending.csv",header=T,sep=",",row.names=1)

reOdata

#パッケージsurvivalを使用（要パッケージインストール）

library(survival)

#表6-2の出力

KM=survfit(Surv(period,reoffending)~rep("A",nrow(reOdata)),data=reOdata)

summary(KM)

#図6-4の出力　※conf.int=Fとすると、95%信頼区間を描かない

plot(KM, conf.int=T,xlab="経過時間", ylab="カプラン・マイヤー生存率")

#表6-4の出力

KMbyNeglect=survfit(Surv(period,reoffending)~neglect,data=reOdata)

summary(KMbyNeglect)

#図6-5の出力

plot(KMbyNeglect, conf.int=F,xlab="経過時間", ylab="カプラン・マイヤー生存率",col=c("blue","black"))

legend("bottomleft", legend=c("放任あり","放任なし"),lty=1,bty="n",col=c("black","blue"))

#ログランク検定

survdiff(Surv(period,reoffending)~neglect,data=reOdata)

#Cox比例ハザード分析　※推定法にbreslowを使うとSPSSやテキストの結果と一致。デフォルトはefron

reOcox=coxph(Surv(period,reoffending)~avoidance+neglect, data=reOdata,method="breslow")

summary(reOcox)

#比例ハザード性の検定　※有意である変数は比例ハザード性を満たさない可能性がある

cox.zph(reOcox)

#====================================================

#2015.04.09 松田いづみ・荘島宏二郎